Dosjei X televizijska je serija poznata po svojim nadnaravnim i mitskim pričama. Međutim, mnoge epizode u seriji temelje se na stvarnim događajima, ljudima i misterijama.
Operacija Spajalica

Operacija Spajalica bila je tajni program Sjedinjenih Država u kojem je više od 1600 njemačkih znanstvenika, inženjera i tehničara odvedeno iz bivše nacističke Njemačke natrag u Sjedinjene Američke Države radi zaposlenja nakon Drugog svjetskog rata. Mnogi dovedeni njemački znanstvenici čak su i bivši vođe nacističke stranke. Među znanstvenicima koji su na taj način regrutirani najpoznatiji je raketni inženjer Wernher von Braun.
Epizoda u trećoj sezoni Dosjea X temeljena je na stvarnoj operaciji Spajalica. Epizoda prati agente FBI -a Foxa Muldera (glumi David Duchovny) i Dana Scully (glumi Gillian Anderson) dok istražuju vladine dokumente od nacističkih znanstvenika koji su radili u okviru same operacije te su možda bili odgovorni za stvaranje rase ljudsko-vanzemaljskih hibrida.
Jedinica 731

Dvije epizode u trećoj sezoni Dosjea X temeljile su se na zlodjelima koje je tajna japanska jedinica počinila tijekom Drugog svjetskog rata. Nakon invazije na Kinu, japanska vlada osnovala je tajnu jedinicu za istraživanje i razvoj biološkog i kemijskog ratovanja. Poznata kao Jedinica 731, usred čijih je izopačenih eksperimenata do kraja rata ubijeno više stotina tisuća ljudi. Jedinica je osnovana s ciljem testiranja biološkog i kemijskog naoružanja da bi kroz rat proširila svoju ‘djelatnost’. Mnoge zemlje, uključujući i Sjedinjene Države, potajno su osigurali imunitet za brojne znanstvenike u zamjenu za informacije i znanje koje su stekli djelovanjem unutar Jedinice 731.
Epizode serije Dosjei X “Nisei” i “731” temelje se na tim pokusima. Eksperimenti na ljudima pojavljuju se kroz obje epizode.
Phineas Gage

Godine 1848. američki nadzornik u izgradnji željezničkih pruga Phineas P. Gage doživio je strašnu nesreću.Željezna motka debela više od tri centimetra i dugačka oko 109 centimetara proletjela je cijelom svojom dužinom kroz njegov mozak. Iznenađujuće, Gage je preživio ovu nesreću, ali njegova je osobnost potpuno promijenjena kao posljedica ozljede mozga koju je doživio. Obitelj ga je opisala kao da to više nije bio on.
Epizoda Dosjea X “Duane Barry” temelji se na njegovom slučaju. Fox Mulder i Dana Scully intervjuiraju psihijatrijskog pacijenta po imenu Duane Barry, koji tvrdi da su ga oteli vanzemaljci. Međutim, kasnije u epizodi, Scully otkriva da mu je frontalni režanj oštećen prostrelnom ranom desetljećima ranije, što je pomoglo objasniti njegova uvjerenja. Iako ga je Scully u epizodi opisala kao nasilnu i nemoralnu osobu to nije istina jer je nakon nesreće Phineas Gage nastavio živjeti produktivnim životom do svoje smrti.
Obitelj Ward

Jedna od najneugodnijih epizoda Dosjea X nosila je naslov “Dom”. Zapravo, “Dom” je jedina epizoda Dosjea X koja je dobila upozorenje o diskreciji gledatelja zbog svog uznemirujućeg sadržaja. Mulder i Scully putuju u izolirani grad Home u Pennsylvaniji kako bi istražili smrt djeteta koje je rođeno s teškim tjelesnim oštećenjima. Epizoda se fokusira na obitelj Peacock i bavi se pitanjima incesta i zlostavljanja u obitelji.
Smatra se da se epizoda temelji na obitelji Ward koja je stekla nacionalnu pažnju kada je jedan brat (Delbert Ward) optužen za ubistvo svog brata (William Ward). Obitelj Ward živjela je u ruralnoj poljoprivrednoj zajednici u u New Yorku. Braća Ward imala su izrazito nizak IQ, bili su nepismeni i bili su pustinjaci. Tijekom suđenja za ubojstvo, mještani su vjerovali u nevinost obitelji. Naposljetku su optužbe protiv Delberta Warda odbačene kad se shvatilo da su braća prisiljena potpisati izjavu o krivnji, a zbog svoje nepismenosti je nisu razumjeli. Dokumentarni film “Brother’s Keeper” iz 1992. fokusira se na priču.
Slučaj Polly Klaas

U listopadu 1993., 13-godišnja Polly Klaas oteta je iz majčinog doma u Petalumi u Kaliforniji. Kasnije je pronađeno njezino tijelo, čiji je uzrok smrti davljenje. Njezin je ubojica na kraju osuđen na smrt.
Epizoda treće sezone “Oubliette” ima sličnosti sa slučajem Polly Klaas. U epizodi, 15-godišnja Amy Jacobs oteta je iz spavaće sobe usred noći. U početku je opisana kao 12-godišnjakinja, ali su scenaristi bili zabrinuti zbog sličnosti. Nažalost, za razliku od Polly Klaas, Amy Jacobs je u epizodi preživjela otmicu.